João Paulo Beja est né en 1968 à Beja (Portugal). Après ses études à l'Universidade Lusíada de Lisbonne, où il a obtenu un diplôme en relations internationales, il a enseigné dans cette université, jusqu'en 2004, la politique internationale et la politique étrangère, notamment la politique étrangère portugaise contemporaine. Il exerce actuellement son activité professionnelle dans le domaine du management.